13 sajandil kuulus Harju-Jaani kogudus Jõelähtme kirikukihelkonda. Harju-Jaanis oli kirik juba keskajal, kuid tolleaegse kiriku kohta andmeid napib. Teada on, et algne kirikuhoone paiknes praegusest kirikust mõnisada meetrit läänepool ning lammutati uue kiriku valmides. Harju-Jaani kirikut (vanades ürikutes Saientacken) on esmamainitud 1322. aastal. Vanim teadaolev kirikuõpetaja on Äienrich Moller, kes suri 25. juunil 1400. 1860. aastal asuti ehitama uut kirikut. Ehitustööd vältasid ühtekokku neli aastat ning nende lõppemist tähistas 13. oktoobril 1863. aastal. pühitsemisteenistus. Praeguse kiriku arhitekt on Friedrich Wilhelm Alisch. Harju-Jaani kiriku raamatukogu alusel loodi 1717. aasta mardipäeva pastor Heinrich Christoph Wrede õhutusel ka Raasikule kool, mille esimene õpetaja oli köster Bergmann.
Arvatavasti oli Harju-Jaani keskaegne kivikirik Harjumaa kirikutele tüüpiliselt ühelööviline kolmevõlvikuline iseseisva kooriruumita ehitis. Selle lõunafassaadi ette oli ehitatud eeskoda, põhjaküljele käärkamber ning vastu lääneseina toetus neljatahuline torn. Praegusajal on vana kivikiriku asukoht tähistatud.
Hoone ehitusliku põhiosa moodustab ristkülikukujuline saal, millele läänes liitub eendehitis koos neljatahulise tornimassiiviga ning idas käärkamber. Torni katab telkkiiver. Kiriku väliskujundus on eklektiline, põhilised on neoromaani elemendid ja motiivistik. Ümarkaarseid aknaavasid markeerivad soklini ulatuvad petikulaadsed seinapinnad. Seinte ülaosa ilmestavad ehisliistud ja dekoratiivkarniisid. Interjööri keskseks elemendiks on kõrgendatud keskosaga puulagi, mida täiendati 1872. aastal kuue paari neljatahuliste sammastega. See muutis pikihoone kolmelööviliseks.
Praegune kirik on seest valge, kummalgi pool seitse suurt akent. Kirik on 12,6 meetrit lai ja 28,8 meetrit pikk. Torn on 43,5 meetrit kõrge. Torni otsas on kullatud rist. Kirik mahutab umbes 1200–1300 inimest. Kiriku kantsel seisab otse altari üle keskkoha seina küljes. Kivist, laudisega kaetud altar pärineb vanast kirikust (13–14. sajand), selle kõrval on detailid vanast kantslist – keerdsammas ja apostli kuju. Aknaid kaunistavad vitraažid, sambaid ehivad apostlite vapid, seintel on Jeesuse elu ja ristteed kujutav graafika, orelil ja mujal kirikus on piiblisalmid ja maalingud. Kiriku sissepääsu kohal on talle kujutisega vapp, kirikuaias on Vabadussõjas langenute mälestusmärk. Kiriku ja uue kalmistu vahel on mälestusrist kõigile nimetud haudades puhkajaile. Kiriku lagi oli puust tehtud võlv, kuid see ei pidanud vastu ja varisemisohu tõttu toestati kuue paari sammastega 1872. aastal. Praeguses tornis olevad kaks suuremat kella on aastast 1899, kuid kolmas kell on vanem (arvatavasti 17. sajandist). Vanast kirikust üle toodud oreli oli ehitanud Ernst Kesler Tartus 1854. aastal.